Pirmuosius žingsnius pagalbinė mokykla-internatas pradėjo 1964 metais Dotnuvos Bernardinų vienuolyno patalpose. Mokyklos muziejuje yra tuometinio švietimo ministro įsakymas, liudijantis apie mokyklos įsteigimą. Pirmoji mokyklos direktorė – Ona Sasnauskienė, dirbusi joje dešimtmetį.
1987 m. lapkričio 16 d. mokykla perkelta į Kėdainius, į naujas mokyklai skirtas patalpas, kuriose mokėsi 214 mokinių.
1990 m. viena pirmųjų šalyje mokykla įsteigė lavinamąsias klases vidutinę, žymią ir labai žymią protinę negalią turintiems vaikams, kurie iki tol nebuvo mokomi.
1993 metais užmegzta ilgalaikė daugiau nei dešimtmetį trukusi draugystė su Švedijos Boros komunos Ganghester miesto bendruomene. Ši bendrystė įtakojo ilgalaikę partnerystę su Švedijos Nassjo komunos Brinell gimnazijos bendruomene.
2002 m. mokykla įtraukta į Mokyklų tobulinimo programą.
Nuo 2002 m. mokykla dalyvauja į sveikatą stiprinančių mokyklų tinklo veikloje.
2004 m. atidarytos pirmosios socialinių įgūdžių ugdymo klasės.
2005–2006 m. atlikta dalinė mokyklos pastatų renovacija.
2008–2011 m. mokykloje buvo steigiamos pradinės klasės emocijų ir elgesio sutrikimų turintiems mokiniams.
2010 m. mokyklos savininku tapo Kėdainių r. savivaldybė.
Nuo 2013 m. mokykla aktyviai dalyvauja tarptautiniuose „NordPlus”, „Comenius”, „Erasmus+”, „eTwinning” projektuose. Tarptautinė patirtis pedagogus inspiravo palyginti partnerių šalių švietimo ir socialines politikas, švietimo institucijas, ugdymo metodus, reflektuoti gerąsias praktikas ir sėkmės pavyzdžius, mokytis iš jų, taikyti savo įstaigoje.
2021 m. lapkričio 19 d. mokyklos bendruomenės prašymu Kėdainių r. savivaldybės taryba patvirtino „Spindulio” vardą.
Įstaigoje nuolat atnaujinamos edukacinės ir bendrabučio erdvės, diegiamos naujos specialiosios ir IT priemonės, gerinamos mokinių ugdymo ir užimtumo sąlygos. Visi mokymo kabinetai aprūpinti interaktyviomis lentomis, kurios intensyviai naudojamos pamokoms įvairinti. Pamokose taikomi inovatyvūs mokymo metodai, naudojamos įvairios skaitmeninės platformos ir technologijos.
Mokiniams kompleksiškai teikiama judesio ir padėties korekcijos, logopedų, psichologo, socialinio pedagogo, mokinio padėjėjo, sveikatos priežiūros specialistų pagalba.
Sveikatos priežiūros skyriaus veikla mokykloje vykdoma pagal įstaigos asmens sveikatos priežiūros licenciją, suteikiančią teisę užsiimti asmens sveikatos priežiūros veikla ir teikti antrinės ambulatorinės sveikatos priežiūros paslaugas. Gydytojo paskyrimu teikiamos hidroterapijos, masažo, relaksacijos paslaugos, bioptrono procedūros, organizuojama aktyvi fizinė veikla treniruoklių salėje. Gerinant mokinių emocinę savijautą, sudarytos puikios sąlygos naudotis sensoriniais, nusiraminimo-tylos kambariais, esančiais visuose mokyklos aukštuose ir bendrabutyje.
Mokykla dalyvauja sveikatinimo programose, projektuose, sporto renginiuose. Dalyvaudami Lietuvos specialiosios olimpiados (LSO) renginiuose mokiniai garsina mokyklos vardą. 2017 m. į Lietuvos specialiosios olimpiados grindų ritulio rinktinę patekę mokyklos sportininkai dalyvavo pasaulio SO žiemos olimpinėse žaidynėse Grace (Austrija) ir užėmė II vietą.
Mokyklos mokytojų organizuojami įtraukiojo fizinio aktyvumo renginiai su Kėdainių rajono švietimo įstaigomis sulaukė teigiamo vertinimo iš kitų švietimo įstaigų pedagogų. Rengiami turnyrai jau tapo tradiciniai. Jie padeda integruoti negalią turinčius mokinius į visuomenę per tikslingą ir kryptingą sportinę veiklą, siekiant, kad jie taptų kuo savarankiškesni ir mažiau priklausomi nuo aplinkinių pagalbos.
Mokykla sudaro sąlygas kiekvienam mokiniui rinktis jo pomėgius atitinkančią neformaliojo švietimo programą. 15-os būrelių veikla orientuota į mokinių informacinių komunikacinių gebėjimų lavinimą, fizinio aktyvumo, sporto ir sveikos gyvensenos nuostatų, praktinių darbinių įgūdžių formavimą, meninį-kūrybinį ugdymą, saugaus eismo mokymą. Mokiniai atstovauja mokyklai tarptautiniuose ir respublikiniuose festivaliuose „Širdys vilčiai plaka”, „Kai tu šalia”, „Saulės vaikai”, „Aš galiu“, „Žiemos mozaika“ ir kt.
